최종훈 교수 실험실은 최종훈 교수가 2013년 3월 한양대학교 ERICA 생명나노공학과에 부임하면서 시작되었으며, 나노의학실험실 (Nanomedicine Laboratory)의 이름으로 출범 하였다.
2013년 부터 황장선, 서영민, 김지은 3명의 박사과정 학생과 함께 연구를 시작하였으며 각각 약물전달용 나노입자, 고위험성 병원균 검출용 나노센서, 생체적합성 바이오폴리머 의 개발 주제로 학업 및 연구를 진행하였다.
2016년 첫번째로 김지은 박사가 졸업하였으며 (현재 안전성평가 연구소 박사후연구원), 2017년에 박사과정 서영민 (현재 KIST 박사후연구원) 이 졸업하였다. 2018년 봄에 석사과정 조연호 및 손재우 (현재 KAIST 박사과정생)가 졸업하였으며, 또한 2018년 여름에 박사과정 황장선 (현재 연세대 박사후연구원, 석사과정 이경우 (현재 KIST-중앙대 박사과정 연수생)가 졸업하였다.
나노의학 실험실은 2016년 3월 서울 흑석동에 위치한 중앙대학교 융합공학부로 소속을 옮겼으며 현재 계속하여 약물전달용 나노구조체, 바이오센서용 나노물질, 항균/항바이오필름 복합나노구조체, 면역치료용 세포 나노공학기술 등의 연구를 진행하고 있다.
국내외 공동연구 기관과 활발한 협업을 하고 있으며 대표적으로 동경공업대학 Masayoshi Tanaka 교수, 미시건주립대학 Assaf Gilad 교수, 미국 식약처 Peter Goering 박사팀 등과 해외 공동연구를 수행하고 있다. 국내에서는 서울대 영상의학과, 연세대 구강생물학교실, 한양대 ERICA 분자생명과학과 및 생명나노공학과, 한양대 화학공학과, 서강대 화공생명공학과 등과 협업 프로젝트를 진행하고 있다.